Partnerluskogu juhatusse kuulub igast omavalitsuspiirkonnast üks liige ning lähtudes põhikirjast peab omavalitsuste esindajate osakaal juhatuses jääma alla poole. Praegu on juhatuse koosseis järgmine:

Juhatuse esimees
Ermo Kruuse (Põrgumäe talu, Palupera vald)

Juhatuse aseesimehed
Tõnu Saarman (Sangaste Vallavalitsus, Sangaste vald)
Ene Kaas (Lüllemäe Rahvaõpistu, Karula vald)

Juhatuse liikmed
Anne Pai (Põdrala Vallavalitsus, Põdrala vald)
Andres Saarep (Tõrva Linnavalitsus, Tõrva linn)
Tarmo Tamm (Helme Vallavalitsus, Helme vald)
Kaido Purason (OÜ Mändre Post, Hummuli vald)
Eve Ilisson (SA Taheva Sanatoorium, Taheva vald)
Merike Tootsi (Pilkuse Külaselts, Otepää vald)
Mati Raud (MTÜ Spordiklubi Raudsõrmus, Tõlliste vald)
Kaja Papagoi (MTÜ Lotamõisa Arendus, Õru vald)
Helgi Pung (Puka Naisselts, Puka vald)